Bahasa Indonesia berbeza daripada bahasa Melayu khususnya di Malaysia kerana mempunyai perkataan yang berasal daripada Jawa dan Belanda meskipun bahasa Indonesia didasarkan dan didominasi dari bahasa Melayu Riau. Contohnya "pejabat pos" dikenali sebagai "kantor pos" di Indonesia. Perkataan ini berasal daripada perkataan Belanda kantoor untuk "pejabat". Ketika zaman penjajahan, bahasa Indonesia menggunakan "oe" untuk bunyi "u", sama seperti bahasa Belanda. Namun, setelah penaklukan Jepun, ejaan tersebut ditukar kepada "u". Begitu juga dengan bahasa Melayu. Sebelum 1972, bunyi "ch" dieja dengan "ch" dan bahasa Indonesia menggunakan "tj". Oleh itu, perkataan "cap" telah dieja sebagai "chap" dan "tjap" dalam Bahasa Indonesia. Selepas "Ejaan Yang Disempurnakan" diperkenalkan pada 1972, kedua-dua bahasa menggunakan ejaan yang sama, iaitu "cap". Contoh ejaan lain ialah "dj" (Indonesia) diganti dengan "j" seperti di Malaysia. Ada beberapa ejaan yang masih dikekalkan atas sebab sejarah, contohnya "wang" (Bahasa Melayu Malaysia) dan "uang" (Bahasa Indonesia).[1]

Cara sebutan juga berbeza dengan Indonesia dan Malaysia Timur bercakap dalam bahasa baku, iaitu perkataan-perkataan disebut seperti dalam ejaan.

• Untuk rencana lanjutan, sila lihat Perbezaan sebutan Bahasa Melayu dan Bahasa Indonesia